C’est autour du Vieux-Port que s’est construite l’ancienne colonie grecque de Massalia, en 600 avant Jésus-Christ. La légende raconte que la cité est née suite au mariage d’une princesse et d’un marin originaire de Phocée, montrant ainsi que Marseille est une ville qui accueille l’étranger depuis ses origines.
Massalia devint ensuite Massilia au temps de l’empire Romain puis prendra le nom de Marsiho au Moyen-Âge. Le Vieux-Port était toujours le point névralgique de la ville car indispensable pour commercer en Méditerranée. Deux forts furent alors édifiés à l’entrée du port pour le protéger : le Fort Saint-Nicolas et le Fort Saint-Jean.