Le Nef des Machines de l'Île n’a pas toujours abrité des animaux de ferrailles. Il s’agit à l’origine des Chantiers Dubigeon, une ancienne entreprise de construction navale nantaise fondée en 1760 et fermée en 1987. Au 18e siècle, Nantes est le premier port de commerce français, gloire lugubre en partie dûe au “Commerce Triangulaire” et à la “traite négrière” qui ont fait la prospérité des armateurs. Après s’être reconvertis dans la construction de sous-marins pendant la seconde guerre mondiale, les chantiers Dubigeon ont cessé toute activité en 1987. La municipalité va alors s'efforcer de maintenir une mémoire de la construction navale nantaise en rachetant notamment l’une des impressionnantes grues jaunes du Chantier qui trône aujourd’hui sur l’Ile de Nantes, comme un symbole et un témoin du passé.
Au début des années 2000, dans le cadre du renouvellement urbain de l'Île de Nantes, François Delarozière, créateur de certaines machines pour les spectacles de la compagnie Royal de Luxe qui oeuvre à Nantes depuis les années 90, et Pierre Orefice des associations Manaüs, proposent à la Ville de développer sur l'île un projet touristique : « Les Machines de l'île », devenue aujourd’hui l’attraction phare de la métropole nantaise.