D’après une légende, les îles Sainte-Marguerite et Saint-Honorat auraient été nommées après Honorat d’Arles, fondateur de l’abbaye de Lérins, et sa sœur Marguerite. L’histoire raconte que Marguerite ne pouvait pas aller voir son frère sur l’île religieuse de Saint-Honorat. Cette dernière étant interdite aux femmes, elle restait sur l’île de Sainte-Marguerite. Malgré tout, son frère lui promit de la voir au moins une fois par an, à la floraison des amandiers. Marguerite, à qui son frère manquait énormément, pria si fort qu’un amandier de l’île se mit à fleurir tous les mois.
Une autre légende raconte qu’Honorat et sa sœur Marguerite auraient combattu un dragon sur l’île. Ce dernier, blessé à mort, serait allé mourir dans les collines de Draguignan.