La Maison des Têtes Noires a subi une destruction massive pendant la Seconde Guerre mondiale. Le 29 juin 1941, une bataille entre les armées nazies et soviétiques a laissé le quartier historique de Riga en ruines. Malgré les appels des résidents et des experts pour sauver les vestiges, les débris furent finalement enlevés par le gouvernement soviétique en 1948.
Le renouveau de ce monument s'est opéré entre 1996 et 2000. Grâce aux efforts collectifs, notamment des habitants de Riga qui ont généreusement contribué à travers une campagne "Je construis la Maison des Têtes Noires", plus de 5,000 briques furent posées par les citoyens eux-mêmes, concrétisant ainsi le rêve de voir cet édifice renaître de ses cendres.