Baptisée Alia Airlines à sa création en 1963, la compagnie aérienne jordanienne Royal Jordanian a débuté avec trois avions et la protection du roi de Jordanie. Son premier vol a lieu vers Beyrouth, Le Caire et le Koweit. Un an plus tard, elle élargit le nombre de ses destinations avec un vol vers l’Arabie Saoudite puis vers l’Europe - Rome - en 1965. 
En 1966, Alia devient membre de l’association IATA. Paris et Londres sont ajoutées à la liste des aéroports desservis. 
L’essor de la compagnie est grandement ralenti lors de la guerre des Six Jours en 1967. Israël détruit plusieurs avions DC-7 qui sont rapidement remplacés par des Fokker F27. 
Royal Jordanian poursuit son développement et effectue des trajets réguliers vers Nicosie, Benghasi et Doha en 1968. Les années 1970 marquent un tournant dans l’histoire de la compagnie aérienne. Son premier volvers Munich a lieu en 1969, suivi deux ans plus tard par Francfort, Madrid et Copenhague. Elle renouvelle en totalité sa flotte en achetant des Boeing 707, 720, 727 et 747. Ces avions puissants permettent d’étendre le nombre des destinations desservies. Après Tunis, Karachi et Tripoli, Royal Jordanian atterrit à Chicago et Los Angeles en 1984.
L’année 1986 voit Alia Airlines devenirRoyal Jordanian. Douze airbus complètent la flotte. 
La compagnie continue son expansion durant les années 1990. Elle ouvre un système de réservation, en partenariat avec neuf autres compagnies arabes - le Galileo-, plus rapide et plus facile à utiliser. De nouvelles destinations - Gaza et Amman - sont proposées. 
Les années 2000 marquent un partenariat avec la compagnie TWA. En 2001, la compagnie change à nouveau de nom pour devenir officiellement Alia, The Royal Jordanian Airline. Elle reçoit le certificat IOSA qui met en avant la sécurité de ses vols en 2004. Elle rejoint le programme Oneworld en 2007.