La compagnie aérienne autrichienne Niki Luftfahrt a vu le jour en 2003. En novembre, le triple champion du monde de F1 Niki Lauda rachète la filiale autrichienne de la compagnie allemande à bas coût Aero Llyod. Celle-ci était alors en faillite. Il base sa compagnie à Vienne. Dès ses débuts la compagnie possède deux Airbus - 320 et 321. Son premier vol, vers Ténériffe, se fait sous le nom de FlyNiki.
Quelques mois plus tard - le 9 janvier 2004 -, la société débute un partenariat avec la compagnie allemande Air Berlin. Cette fusion est la toute première alliance low cost en Europe. Les destinations se multiplient etNiki Luftfahrt effectue ses premiers vols vers Paris, Rome ou Zurich dès 2005. La même année, la compagnie aérienne enregistre son millionième passager en avril. La compagnie remporte alors le test des compagnies présenté par les agences de voyages en ligne, dans la catégorie "compagnies à bas prix" mais aussi "charters".
Elle poursuit son expansion avec de nouvelles destinations : Moscou, Francfort ou Stockholm. Devenue une compagnie bas coût importante, elle agrandit sa flotte avec l’achat en 2008 de plusieurs Embraer. En 2010, elle possède 17 avions, effectue 640 vols par semaine et dessert plus de 50 destinations.
  En 2011, Air Berlin prend possession de la totalité des parts de la société autrichienne. La compagnie aérienne reste néanmoins indépendante et conserve sa propre direction. Niki Luftfahrt devient membre affilié de l’alliance OneWorld et partage son programme de fidélité avec ses partenaires.
Plus de 830 personnes travaillent pour la compagnie en perpétuelle expansion. De plus en plus de passagers et un chiffre d’affaire en constante progression ont placé Niki au sommet des compagnies low cost.