C’est en 2001 que Hong Kong Airlines voit le jour. Née de la fusion avec la compagnie aérienne Hong Kong Express Airways, la compagnie d’abord nommé CR Airways débute dans le transport en hélicoptère dès 2003. Elle reçoit son certificat de l’aviation civile chinoise et peut dès lors progresser vers le transport charter. Le 5 juillet 2003, elle effectue son premier vol charter vers les Philippines et poursuit par des trajets vers les villes chinoises de Jinan, Naning et Wenzhou. Quelques mois plus tard, elle rejoint le Cambodge.
C’est en avril 2005 qu’elle reçoit sa licence ATLA pour le transport de passagers. La même année, elle signe un contrat avec Boeing pour acquérir plusieurs avions.
En 2006, Hainan Airlines rachète 45% des parts de Hong Kong Airlines. Deux mois plus tard, les 55% restants sont rachetés par un particulier. Elle change alors de nom et devient Hong Kong Airlines. Le logo de lacompagnie aérienne est également changé. C’est la fleur de bauhinia qui est choisie, symbolisant Hong Kong.
En 2007 la société passe un grosse commande pour obtenir plusieurs avions auprès de Boeing et Airbus. En 2010, Hong Kong Airlines rejoint l’association IATA. Un an plus tard, elle reçoit 4 étoiles de la part de Skytrax - organisme britannique de consultation et de vérification. Son trafic de passagers dépasse le million sur plus de 19 destinations.
Avec une flotte puissante et un service haut de gamme, la compagnie reçoit de nombreuses récompenses dont celle attribuée par Capital Weekly Service Award en 2012. Reconnue comme meilleur service d’aviation, elle poursuit son expansion et rejoint Londres. Elle propose alors deux classes : club premier et club classic.
En 2013, la compagnie aérienne ouvre une nouvelle destination vers Les Maldives et dépasse les 4 millions de passagers. Elle poursuit son expansion avec des départs vers le Japon ou le Vietnam.