L’histoire de la compagnie aérienne Croatia Airlines remonte en 1989, l’année où elle commençait à transporter des colis pour l’UPS. À cette époque, elle agissait sous le nom Zagal ou Zagreb Airlines. La compagnie a été rebaptisé Croatia Airlines un an plus tard, c’est-à-dire le 23 juillet 1990.
En signant un contrat avec Adria Airways, la compagnie croate effectuait des liaisons nationales. Le premier vol Zagreb-Split est lancé le 5 mai 1991. En 1992, celle-ci a acquis 3 avions Boeing 737 afin de desservir les autres métropoles européens, puis elle devient membre d’IATA.
La compagnie aérienne s’est développée, ce qui lui a poussé à ouvrir des filiales et des agences comme à Francfort, à Zadar, à Pula ou à Rijeka. Le 9 juin 1994, elle récompense son millionième passager. La même année a été marquée par le voyage du Pape Jean Paul II à bord de l’un des avions reliant Rome-Zagreb.
C’est en ouvrant une filiale à Sarajevo en 1996 que Croatia Airlines devient la première compagnie au monde à assurer des vols réguliers avec la capitale Bosniaque. Pour la seconde fois, le Pape voyage avec la compagnie en juin 1998.
En 2001, la compagnie croate fête son 10e anniversaire. L’année a été marquée par la remise du certificat JAR 145 par les autorités aériennes allemandes ainsi que l’enregistrement de 1 242 468 voyageurs.
La flotte compte à l’heure actuelle 2 avions Airbus 320, 4 Airbus 319 et 6 Dash 8-Q400 pour desservir une trentaine de destinations à des prix compétitifs aussi bien nationales qu’internationales. La compagnie continue à évoluer en adaptant ses offres de voyages et services à la tendance. Par exemple, en 2004, elle devient membre régionale de la Star Alliance.