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Les parcs nationaux hébergent de nombreuses espèces protégées : cerfs, éland, mouflons, lynx, loups, lièvres et sangliers. Les rapaces (aigles et faucons) se rencontrent le plus fréquemment dans le Parc national des Hautes Tatras. C'est aussi dans ce parc qu'on peut voir des ours bruns. Ils séjournent à plus de 1 000 m, et ils ne constituent pas un danger, si on se contente de les observer de loin.
La flore des parcs nationaux se compose de forêts de hêtres, de mélèzes, de bouleaux et de tilleuls. A mesure que l'on s'élève en altitude, les forêts laissent place aux prairies de type alpin, émaillées d'arnica et d'edelweiss.
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