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A part les quelques singes et serpents qui peuplent les forêts, l'archipel est réputé pour ses insectes et ses oiseaux (surtout sur l'île de Príncipe).
© Consulat de Sao Tomé
Les amateurs d'ornithologie apprécieront les 143 espèces d'oiseaux (dont 25 endémiques) parmi lesquels des coucous, des choucadors, des martins-pêcheurs et le fameux perroquet Jaco. On peut observer les oiseaux sur le site du Lagoa Amelia, un ancien cratère, où bon nombre d'espèces ont élu domicile.
© Consulat de Sao Tomé
La mer abrite plusieurs types de poissons : marlin, espadon voilier, barracuda, carpe, rouget, thon, carangue ou wahoo. A voir, en novembre, les tortues de mer venant pondre sur les nombreuses plages de l'archipel.
© Consulat de Sao Tomé
Les différents microclimats de São Tomé ont permis à 800 espèces végétales (dont 120 endémiques) de se développer. Parmi elles, les taros, les hibiscus, les broméliacées, les baobabs et les palmiers, sans oublier la rose de porcelaine, un des symboles de l'île.
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