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La grande variété de la végétation japonaise (environ 17 000 espèces) est liée au climat et au relief. La forêt couvre 67 % de la surface du pays et elle est composée par une majorité de feuillus et de conifères : chênes, hêtres, érables, thuyas, pins rouges et noirs, associés aux bouleaux et aux frênes. A l'ouest, domine une forêt où conifères poussent aux côtés de bambous, magnolias et chênes verts. Les pruniers blancs et rouges, les cerisiers à floraison précoce, ainsi que les bambous et les pins sont devenus les symboles traditionnels du pays.
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La faune compte 132 espèces de mammifères, 583 espèces d'oiseaux et 66 espèces de reptiles, batraciens et poissons. On rencontre encore des ours noirs et bruns, des renards et des cerfs. Le seul primate est le singe à face rouge - le macaque du Japon - qui peuple tout le territoire de Honshu.
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