La faune de montagne est essentiellement rassemblée au sein de trois parcs nationaux : celui de la montagne Galicica, qui sépare les vallées d'Ohrid et de Prespa, celui de Mavrovo, sur les versants de la Bistra, et celui de Pelister. Ces lieux sont l'habitat des chèvres sauvages, des loups, des ours, des cerfs, des renards ou des sangliers.